Управление осуществляет следующие полномочия:

формирование и ведение Перечня организаций и физических лиц, в отношении которых имеются сведения об их участии в экстремистской деятельности, доведение его до организаций, осуществляющих операции с денежными средствами и иным имуществом;

подготовка постановлений по приостановлению выявленных операций с участием внесенных в Перечень лиц и информирование правоохранительных органов о выявленных и приостановленных операциях с их участием для принятия соответствующих административных или процессуальных мер;

сбор и обобщение материалов, о физических лицах и организациях, проверяемых зарубежными ПФР и отечественными правоохранительными органами по подозрению в причастности к террористической деятельности и ее финансированию. Формирование на этой основе подсистемы «Терроризм» ЕИС Службы. Осуществляет мониторинг контроль финансовых операций с участием внесенных в подсистему физических лиц и организаций;

анализ и проработка поступающих в Службу сообщений об операциях (сделках) с денежными средствами или иным имуществом, подлежащим контролю в соответствии с законодательством Российской Федерации о противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма, в целях выявления признаков их связи с финансированием терроризма;

анализ и проработка поступающих в Службу сообщений об операциях с участием зарубежных и отечественных некоммерческих организаций (НКО) в целях выявления признаков их использования в целях финансирования терроризма;

подготовка и направление в правоохранительные органы, в соответствии с их компетенцией, материалов об операциях (сделках) с денежными средствами или иным имуществом, в которых выявлены признаки причастности к финансированию терроризма;

оказание информационной поддержки расследованиям отечественных правоохранительных органов по делам с экстремистской и террористической направленностью;

взаимодействие с федеральными органами исполнительной власти по вопросам координации совместной деятельности в сфере противодействия финансированию терроризма;

обеспечение участия Службы в деятельности НАК по вопросам, относящимся к компетенции Службы, в том числе организация совместно с аппаратом НАК деятельности экспертно-консультативной группы по вопросам противодействия финансированию терроризма;

направление запросов в кредитные и иные организации, осуществляющие операции с денежными средствами и иным имуществом, а также в органы государственной власти, органы государственной власти субъектов Российской Федерации и органы местного самоуправления, в целях получения информации и документов, необходимых для выполнения возложенных на Управление функций ;

исполнение запросов зарубежных ПФР, поступающих по линии международного сотрудничества;

осуществление в установленном порядке производства по делам финансовых расследований в отношении юридических и физических лиц, в действиях которых выявлены признаки финансирования терроризма;

проведение проблемно-тематических исследований в отдельных сферах, отраслях и регионах в целях своевременного выявления негативных тенденций, а также условий для возникновения террористических угроз;

изучение и обобщение международного и отечественного опыта борьбы с терроризмом и противодействия его финансированию и разработка на их основе критериев отбора и анализа информации об финансовых операциях с признаками финансирования терроризма;

осуществление взаимодействие с межрегиональными управлениями в федеральных округах по вопросам организации работы по противодействию финансированию терроризма;

разработка методических материалов и рекомендаций по вопросам противодействия финансированию терроризма.

разработка и внедрение в деятельность Управления, современных информационно-технологических средств, способных повысить уровень и эффективность мероприятий, проводимых в целях противодействия финансированию терроризма;

подготовка и проведение совещаний по вопросам противодействия легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма, в том числе с участием представителей иных министерств и ведомств;

разработка и реализация межведомственных программам и планов;

обеспечение в пределах своей компетенции деятельности Административного аппарата Национального антитеррористического комитета, в том числе с позиции прикомандированных к Комитету работников Службы;

подготовка предложений по внесению изменений в действующее законодательство в сфере противодействия финансированию терроризма;

разработка и реализация программ международного сотрудничества в сфере противодействия финансированию терроризма;

подготовка и направление в Росрегистрацию информации о выявленных в деятельности НКО фактах несоответствий уставным целям;

подготовка предложений о нежелательности пребывания на территории Российской Федерации лиц, в отношении которых получены сведения об их участии в террористической деятельности или ее финансировании;

сбор, обобщение и систематизация материалов по международной практике выполнения резолюций СБ ООН по противодействию финансированию распространения оружия массового уничтожения (ОМУ), а также рекомендаций ФАТФ в указанной сфере;

обеспечение установленного порядка полученной Управлением информации, составляющей государственную, служебную, банковскую, налоговую, коммерческую тайну, тайну связи;

участие в заседаниях научно-консультативных и экспертных советов по вопросам, входящим в компетенцию Управления;

обеспечение мобилизационной готовности Службы;

реализация иных полномочий, предусмотренных законодательством Российской Федерации, актами Службы.